Người vợ đầu tiên của Theodosius là Aelia Flaccilla Augusta, dường như có nguồn gốc Tây Ban Nha. Bà này kết hôn với Theodosius trong thời gian ông ta sống ẩn dật tại Tây Ban Nha.[10] Với Flaccilla, Theodosius có hai con trai kà Arcadius và Honorius và một con gái là Aelia Pulcheria; Arcadius là người thừa kế của Theodosius ở phía Đông và Honorius ở phương Tây. Cả Flaccilla Aelia và Pulcheria đều mất trong năm 385.

Vợ thứ hai của Theodosius (nhưng không bao giờ tuyên bố là hoàng hậu) là Galla, con gái của hoàng đế Valentinianus I với người vợ thứ hai Justina. Theodosius và Galla đã có một con trai tên là Gratianus, sinh năm 388 và đã chết trẻ và một cô con gái Galla Aelia Placidia (392-450). Placidia là người con duy nhất sống sót đến tuổi trưởng thành và sau này kết hôn với vua Constantius III.[17]